所在地：北海道
批准时间：2005年
类别：自然遗产

狭长的知床半岛突伸于鄂霍次克海面 ，是地球上纬度最低的海水结冰的海域。春季，冰块融化，产生大量的浮游生物，吸引鲑鱼等大批鱼类贝类在此生息。产卵期的鲑鱼从大海向河川回游，被罴棕熊和白尾海雕等大型动物吞噬，这些动物的排泄物和尸骸又作为植物的营养素返还给陆地……。知床半岛一直良好地保持着这种海陆双方的生态平衡。
野生动物数量繁多是知床的另一大特点。北狐、罴棕熊等陆栖哺乳类动物共有35种，胡麻斑海豹、北海狮和小须鲸等海栖哺乳类动物有28种，被指定为国家天然纪念物的毛腿渔鸮、黑啄木鸟等鸟类有264种、爬虫类8种、两栖类3种、昆虫类更是多达2500余种。此外，已经发现并确定的植物共有817种，其中包括裂叶蒿以及知床特有的知床堇等高山植物233种。

所在地：青森县、秋田县
批准时间：1993年
类别：自然遗产

白神山地包括从青森县西南部一直到秋田县西北部的大片山岳地带，面积约13万公顷。
这里分布着世界最大规模的山毛榉天然原生林，由于基本没有受到人为的影响，至今保留着丰富多样的植物种类。
此外，山毛榉原生林里还生活着多种野生动物。其中有被指定为国家天然纪念物的日本髭羚、日本猕猴以及黑熊等哺乳类动物14种，有被称为“幻之啄木鸟”的国家天然纪念物黑啄木鸟以及金雕等鸟类84种，还有已发现并确定的昆虫类约2000种。

所在地：岛根县
批准时间：2007年
类别：文化遗产

从1526年被九州博多的大富商神屋寿发现，至1923年关闭为止，石见银山作为银矿曾被开采长达400年之久，是日本最具代表性的银矿遗址。尤其是16至17世纪，银的开采量大幅度增加，当时日本的银产量占到了世界产量的三分之一，而其中的大半部分产自石见银山。银矿关闭后，由于没有再进行大规模的开采和开发，室町时代至明治时代期间的开采方法和开采遗址得以完好保存。此外，周边城镇景观也良好保存了江户时代原有的面貌，与银矿遗址一起被列入了世界遗产名录。
开采期间，石见银山矿区一直沿用日本独特的采矿方式，不崩山、不伐林，而是挖一条通向矿脉的狭窄坑道，通过坑道采矿。这种对自然环境的爱护，成为21世纪的今天全球环保的一面镜子。这一点是石见银山获得教科文组织批准成为世界遗产的一大要因。

所在地：广岛县
批准时间：1996年
类别：文化遗产

严岛神社创建于6世纪末期，坐落在“日本三大景”之一的严岛 ，又有“安艺的宫岛”之称。12世纪，社殿经过改造后，形成前所未有的巧妙建筑结构，涨潮时神社仿佛漂浮在海面上一般。
宫岛自古以来被视为圣地，11世纪以前，只有神职人员才被允许进入岛上。即使到了今天，为了避免“不净”，岛上不允许安置任何墓葬。
浮现在海面的朱红色大鸟居是严岛神社的象征，完全保留着平安时代（12世纪）原有的建筑式样，极其美丽。退潮时它与陆地相连接，游客可步行至鸟居下面。而涨潮时，游客可乘坐围绕鸟居航行的游船观赏鸟居。除此之外，主殿周边还有很多精彩看点，比如高28米的五重塔、面积相当于857张榻榻米的丰国神社（千叠阁），以及收藏有大量国宝的宝物馆等等。

所在地：鹿儿岛县
批准时间：1993年
类别：自然遗产

屋久岛90%为山地，中心地带海拔超过1800米的7座高山连绵成岭，其中最高的为宫之浦山，海拔1935米。随着海拔的上升，山地植物从亚热带植物带、阔叶林带、针叶林带一直到亚高山植物带，层层变化，观赏性极强。
屋久岛最有特色的植物要数“屋久杉”。它专指屋久岛独有的杉树种中树龄超过1000年的杉树。现在，屋久岛上共有屋久杉2000余株，其中1966年发现的“绳文杉”高达30米，根围43米，树干直径达13.8米，是名副其实的巨树。据说其树龄竟有7200年！由于拥有大面积植物带与森林，岛上植物种类多达1900余种，成为屋久鹿和屋久猴等屋久岛特有的野生动物们的乐园。

所在地：冲绳县
批准时间：2000年
类别：文化遗产

1879年设置冲绳县以前，这里一直是一个王国——琉球王国。12世纪至17世纪，琉球在维持自己自治王国的地位的同时，作为日本、中国、韩国及东南亚之间的贸易中转站，在外交、贸易方面曾非常活跃。通过国际间的贸易交往，琉球王朝吸收了来自海外的各种各样的文化，从而逐步形成了自己独特的文化。
其中，被称为“GUSUKU”的石砌建筑技术就是琉球所特有的，无论在技术层面上还是艺术层面上都充分表现出其文化的卓越。大多数GUSUKU内部都设有“拜所”，使之不仅成为村落的核心，直到今天还是众多当地居民参拜神灵的场所。
被列入世界遗产名录的“琉球王国的城边遗址及相关建筑”包括9处：今归仁城址、座喜味城址、胜连城址、中城城址、首里城址、园比屋武御狱石门、玉陵、识名园、斋场御狱。